Aplicación de secuenciación masiva paralela para el descubrimiento de virus fitopatógenos en agua de riego del ramal “El Pueblo” No. 12

Abstract

En el Ecuador son pocos los reportes de virus en fuentes de agua y los que existen describen virus humanos mientras que los virus fitopatógenos, que también se transmiten a través del agua, han sido poco estudiados. Dado que no existen métodos de control definitivos para las enfermedades virales en plantas, mejorar la bioseguridad agrícola y la detección temprana de virus es la mejor manera de evitar pérdidas económicas. Diferentes técnicas y métodos han sido empleados para el diagnóstico viral sin embargo, la secuenciación masiva paralela es una poderosa alternativa para el diagnóstico de virus en muestras ambientales. El objetivo del proyecto fue aplicar una tecnología de secuenciación masiva paralela para el descubrimiento de virus fitopatógenos en agua de riego en un reservorio de la Granja Experimental INIAP en el sector de Tumbaco, Pichincha. Utilizando el método de floculación orgánica con leche descremada se obtuvo un concentrado viral a partir de muestras de agua. Se extrajo ARN de los concentrados virales y se realizó secuenciación masiva paralela utilizando la tecnología Illumina. Tras el análisis bioinformático de datos se determinó la presencia de 4 familias de virus fitopatógenos: Tombusviridae, Virgaviridae, Solemoviridae y Alphaflexiviridae de un total de 19 familias virales dentro de los dominios Duplodnaviria y Riboviria. Además se realizó una comparación de herramientas bioinformáticas para el ensamblaje de lecturas de secuenciación masiva donde el ensamblador metaSPAdes mostró los mejores resultados. Con dicha herramienta se obtuvo más del 99% de los genomas ensamblados de Hibiscus latent Fort Pierce virus (HLFPV) y Ryegrass mottle virus (RGMoV).