Detección de GLRaV (grapevine leafroll-associated virus) y GRBaV (grapevine red blotch-associated virus) mediante secuenciación de alto rendimiento (HTS)

Abstract

La uva (Vitis spp.) es uno de los cultivos más importantes en Estados Unidos (USA) y a nivel mundial. En los últimos años los virus Grapevine Leafroll-associated virus (GLRaV) y Grapevine Red Blotch associated virus (GRBaV) han generado pérdidas económicas en los cultivos de uva. Estos son de difícil diagnóstico debido a las dificultades en la extracción de ARN total de las plantas perennes leñosas. Por esta razón, la presente investigación tuvo como objetivo diagnosticar la presencia de los virus GLRaV y GRBaV a partir de ARN total de muestras de hojas de uva. Se empleó una variación al Mini Kit RNeasy Plant de Qiagen, Target-specific high-throughput sequencing para la elaboración de ADN complementario de doble cadena (ADNc-dc). Asimismo, se realizó reacciones en cadena cuantitativa de la polimera en tiempo real (q-PCR) y secuenciación con MinION-Oxford Nanopore techonologies (ONT). Las secuencias resultantes se analizaron por medio de E-probe Diagnostic Nuclic acid Analysis (EDNA) y en el programa Minimap 2. Como resultado se obtuvo que las pruebas de diagnóstico de secuenciación de alto rendimiento (HTS) y EDNA tuvieron una baja sensibilidad de diagnóstico (DSe) y alta especificidad de diagnóstico (DSp) para GLRaV. Mientras que el GRBaV presento una DSe moderada y DSp es alta.La prueba diagnóstica de HTS depende de la evaluación del virus teniendo que suma de DSe y DSp es mayor a 100% en algunos casos de GLRaV-4(cepa 4), GLRaV-4(cepa 6) y GRBaV, lo que indica que presenta precisión de diagnóstico.