Genotipificación de Klebsiella Pneumoniae mediante el análisis de secuencias de Locus Múltiples (MLST) en una colección de aislados clínicos provenientes de infecciones sistémicas de dos hospitales de referencia del Ecuador

Abstract

Klebsiella pneumoniae es una enterobacteria de importancia mundial en el ámbito de la salud debido a su rápida adquisición de resistencia a antimicrobianos, dicha cualidad junto con los mecanismos de transmisión de infecciones, pueden ser estudiados mediante herramientas de análisis de la variabilidad genética, que permiten conocer las relaciones evolutivas entre patógenos causantes de brotes en hospitales y en la comunidad y también establecer mecanismos de contención de infecciones. En el presente estudio, 64 aislados clínicos procedentes de infecciones sistémicas reportadas en dos hospitales de referencia del Ecuador, Hospital Carlos Andrade Marín y Hospital de Especialidades Eugenio Espejo fueron tipificados mediante la técnica MLST (Multi-Locus-Sequence-Typing). Se estandarizaron y se optimizaron ensayos de reacción en cadena de polimerasa (PCR) de 7 genes constitutivos rpoB, gapA, mdh, infB, tonB, phoE y pgi de K. pneumoniae. Los productos de PCR fueron secuenciados y una vez curadas las secuencias, fueron comparadas contra una base de datos de referencia (Instituto Pasteur) para obtener el perfil alélico y su correspondiente secuencia tipo. Mediante análisis bioinformáticos se identificaron complejos y grupos clonales, se construyeron árboles de mínima expansión, árboles filogenéticos y redes divididas. Se encontraron 28 secuencias tipo, 25 previamente reportadas y 3 no reportadas; agrupadas en 2 complejos clonales, 3 grupos clonales y 15 singletons. Al compararlas frente al árbol filogenético y red dividida, se obtuvieron 2 complejos clonales y 1 grupo clonal. El análisis genotipo-fenotipo permitió determinar que, CC2 y GC3 correspondían a aislados susceptibles, ST15 correspondió a un patrón BLEE y ST258 a un patrón CRE. Se concluye que en los hospitales no se evidencia brotes, sino infecciones individuales.