Identificación de genes envueltos en la interacción entre fusarium oxysporum F. SP. cubense RT4 y musa acuminata subgrupo cavendish utilizando minería de datos

Abstract

En la actualidad, la economía mundial se encuentra afectada debido a las grandes pérdidas de plantaciones de banano (Musa acuminata sub. Cavendish) por infección del mal de Panamá causado por Fusarium oxysporum f.sp. cubense raza tropical 4 (FOCRT4). Es imperativo dar alternativas para la sostenibilidad del cultivo, por ello se requieren medidas para evitar la diseminación del patógeno. Una vez que el hongo está presente en las plantaciones no puede ser controlado con fungicidas, siendo como alternativa rápida y eficiente la incineración de los sembríos para su eliminación. Por ende, la alternativa de recopilación de genes esenciales para el hongo al momento de la interacción con la planta es clave para atacar eficientemente al hongo, mediante el silenciamiento de genes que codifiquen a proteínas esenciales en la infectibilidad o patogenicidad, y así evitar la infección y colonización de la planta. En la presente investigación, mediante minería de datos, se detectaron 12.810 genes del hongo que fueron expresados diferencialmente (DEGs) a los cero, dos y cuatro días después de la inoculación, durante la interacción FOCRT4-banano. Se filtraron por su p-value y se encontraron aproximadamente 1249 DEGs y de ellos 310 representaban proteínas caracterizadas como DNA polimerasa, proteína SIX, betagalactosidasa entre otras. La mayoría de los 939 genes restantes fueron encontrados como proteínas hipotéticas sin caracterizar.