Efecto del tratamiento con Trichoderma spp. sobre la composición microbiana fúngica de la rizósfera de suelos de cultivo de mora de Castilla (Rubus glaucus Benth)

Abstract

Tungurahua, principal provincia productora de mora de Castilla en el Ecuador emplea Trichoderma spp. como alternativa agroecológica para el control de plagas de origen fúngico. Los mecanismos que aseguran el éxito de Trichoderma como biocontrol no se comprenden en su totalidad, para analizar el efecto de Trichoderma sobre la composición microbiana fúngica de rizósfera se estudiaron los suelos de cultivo de mora de Castilla de la Estación Experimental Granja “Píllaro” en Tungurahua, se muestrearon por triplicado dos tratamientos: T1 (rizósfera de plantas con síntomas de marchitez sin Trichoderma) y T2 (rizósfera de plantas sin marchitez con Trichoderma). Se extrajo el ADN de las muestras y se secuenció en MR DNA (USA) y Biomol Ecuador mediante tecnología Illumina MiSeq, con cebadores ITS86F e ITS4. Los datos crudos fueron analizados en FastQC y MultiQC; filtrados y recortados en DADA2; procesados, analizados bioinformática y estadísticamente en Galaxy Europe, Nucleotide BLAST y R, empleando diferentes librerías de acceso libre. Se estimaron las diversidades taxonómicas, la composición diferencial entre tratamientos y se identificaron variantes de taxonomía no asignada en el reino Fungi. Se encontró que, existe diferencia significativa en la diversidad alfa y no existe diferencia significativa en la diversidad beta entre los tratamientos. Los géneros diferenciales significativamente fueron Calophoma y Antrodia para T1 y Mortierella para T2. Calophoma rosae parece ser un potencial patógeno de Rubus glaucus, mientras Mortierella puede representar un componente clave en la salud de los suelos tratados con Trichoderma. Las variantes sin taxonomía asignada correspondieron a secuencias del espaciador transcrito de Rubus glaucus y de algas verdes de la clase Chlorophyceae.