Evaluación in silico del acoplamiento molecular entre metabolitos secundarios del cacao fino de aroma y proteínas blanco del virus SARS-CoV-2

Abstract

La pandemia por COVID-19, dada por el virus de SARS-CoV-2 es un problema mundial de salud. El contagio latente y falta de terapias efectivas ha promovido el acelerado desarrollo de medicamentos. Los métodos in silico han jugado un papel importante en la evaluación rápida de potenciales fármacos. El cacao Arriba (Theobroma cacao L.) variedad Nacional, también conocido como fino y de aroma, es una variedad de cacao que contiene gran riqueza de compuestos bioactivos. En este estudio, se evaluó in silico el acoplamiento molecular entre metabolitos secundarios del cacao fino de aroma y proteínas blanco del virus SARS-CoV-2. Se identificaron, bibliográficamente, metabolitos secundarios del cacao Arriba con potencial bioactivo, se predijo sus características farmacocinéticas y se realizó el acoplamiento molecular con proteínas blanco críticas de SARS-CoV-2. La cafeína, teobromina, epicatequina, trans-resveratrol y trans-picéido demostraron posibilidad de ser absorbidas pasivamente en el intestino, al tener solubilidad WLogP ¿ 8 y TPSA ¿200 Å2. La epicatequina y el trans-picéido, derivado del trans-resveratrol, mostraron la mejor formación de enlaces con residuos catalíticos de los sitios activos de helicasa (-7.9 y -8.2 kcal/mol) y la proteinasa 3Clpro (-7.8 y -8 kcal/mol). Adicionalmente, la eficiencia de ligandos corroboró la fortaleza de las interacciones ejercidas en el complejo proteína-ligando simulados, obteniendo valores mayores a 0.3, valor ideal en fármacos.