Resumen:
La naranjilla y el limón son frutales de amplio cultivo en todas las regiones del Ecuador, que han presentado síntomas de infecciones virales que afectan la producción agrícola. En el país son pocos los estudios y reportes de virus fitopatógenos que afectan a estos cultivos, por lo que este trabajo tiene por objetivo detectar e identificar virus fitopatógenos en cultivos de Naranjilla (Solanum quitoense) y Limón Meyer (Citrus x meyeri) mediante secuenciación masiva paralela a partir de ARN total. Se recolectaron muestras de hojas con síntomas de virosis. El análisis bioinformático de los reads obtenidos (92 345 458 reads para limón Meyer y 88 747 638 reads para naranjilla) se realizó a través de un pipeline establecido con herramientas disponibles públicamente para la detección de virus. El ensamblaje de novo de las muestras secuenciadas se evaluó con los ensambladores Velvet, SPAdes y ABySS. El análisis de los datos de secuenciación identificó en plantas de naranjilla la presencia de Tobacco virus 2, Potato leafroll virus, Lily symptomless virus, Tomato torrado virus. Mientras que en plantas de limón Meyer se identificó la presencia de Citrus tristeza virus, Citrus vein enation, Potato leafroll virus y Lily symptomless virus. Además, se identificó en los dos cultivos mediante análisis de homología la presencia de Potato yellowing virus con porcentajes de identidad de 97.14% (limón Meyer) y 98.73% (naranjilla) con la secuencia del segmento 3 de RNA de PYV reportado en el GenBank. Se realizó una confirmación de PYV a través de primers genéricos para Ilarvirus y PCR convencional
