Resumen:
La seguridad alimentaria se ve amenazada debido al crecimiento poblacional, disponibilidad de suelos de cultivo y el uso indiscriminado de sustancias químicas en los sistemas agrícolas de manejo convencional, por lo que existe una creciente necesidad de implementar sistemas más sustentables, entre estos el sistema de manejo orgánico se perfila como un sistema que puede mejorar la productividad agrícola sin afectar al medioambiente. Muchas investigaciones han mejorado el entendimiento de la diversidad y dinámica de las comunidades microbianas en suelos de cultivo y avances como la extracción y cuantificación del ADN del suelo y la secuenciación masiva paralela han permitido obtener una imagen más completa de estas comunidades las cuales poseen distintos patrones de diversidad que han sido poco estudiados por lo que es necesario expandir la teoría sobre la diversidad en estos ecosistemas. El presente estudio plantea la posibilidad de utilizar este enfoque molecular para entender la diversidad de microorganismos presentes en el suelo de cultivos de cacao y a su vez compararla en los sistemas de manejo orgánico y convencional. La secuenciación masiva paralela de amplicones permitió obtener unidades taxonómicas operacionales para oomicetos y micorrizas, se diseñó un proceso de pipeline para cada grupo taxonómico de interés lo cual permitió la visualización y comparación de la estructura de las comunidades de oomicetos y micorrizas, se estimaron los índices de Simpson y Shannon, aun cuando no se reportaron diferencias significativas con estos indicadores fue posible evidenciar distintos patrones de diversidad y riqueza para cada grupo taxonómico estudiado.
