Resumen:
Ecuador registra que anualmente se pierden más de doscientos setenta mil dólares por causa de enfermedades en cultivos. Uno de los hongos causantes de estas pérdidas es el género Colletotrichum, causante de la enfermedad de la antracnosis en cultivos de frutas, cereales, leguminosas, vegetales, ornamentales, etc. Se han reportado más de 240 especies de Colletotrichum alrededor del mundo que debido a su variabilidad genética han sido clasificados dentro de 15 complejos de especies. Para poder identificar especies del género Colletotrichum se aplicaron métodos morfométricos como la observación macroscópica y microscópica a los 7 días de inoculación del hongo en medio PDA, métodos metabólicos, comparando el patrón metabólico de un aislado en el sistema de identificación microbiana BIOLOG, y molecular, analizando los aislados mediante PCR con primers específicos MKCgF y MKCgR para detectar C. gloeosporioides y CY1 y CY2 para detectar C. lindemuthianum.y con primers universales EF1 y 2 e ITS 1 y 4. Se obtuvieron 45 cepas provenientes de 20 hospederos distintos con las cuales se realizaron los análisis. Se identificó morfológicamente la especie C. gloeosporioides en cultivos de aguacate, pitahaya, pimiento, guanabana, mandarina, granadilla, cacao, naranjilla, naranja, maracuyá, limón y frejol. La especie C. gloeosporioides se identificó en 6 aislados por el sistema de identificación microbiana BIOLOG y en 33 aislados con el uso de los primers específicos MKCgF y MKCgR generando amplicones de 380 pb, ninguno de los aislados fue identificado como C. lindemuthianum. Los primers universales EF 1 y 2 e ITS 1 y 4 generaron amplicones a alturas de 520 pb y 570 pb respectivamente, lo cual es correspondiente para hongos del género Colletotrichum.
