Evaluación de genes de mantenimiento como controles internos mediante la técnica RT – qPCR y la herramienta bioinformática EDNA – MiFi en Vitis vinífera infectada con Grapevine red blotch – associated virus (GRBaV)

Abstract

La planta de uva Vitis vinífera es un cultivo de importancia económica a nivel mundial, solamente en el año 2019 Estados Unidos obtuvo una rentabilidad de 162 millones de dólares; sin embargo, las enfermedades de la vid representan el 30% de las pérdidas económicas. El diagnóstico estandarizado, preciso y oportuno de enfermedades de la vid es esencial para mantener las condiciones productivas y fitosanitarias adecuadas, es por ello que el control de calidad en el diagnóstico de fitopatógenos aislados a partir de ARN requiere el uso de genes endógenos como controles internos. Este estudio tiene como objetivo la evaluación de genes de mantenimiento como controles internos mediante la técnica RT – qPCR y la herramienta bioinformática EDNA – MiFi en tejido Vitis spp. sano y tejido Vitis Vinífera infectado con GRBaV. La variabilidad de transcripción génica en diferentes organismos, tejidos y condiciones fisiológicas hacen necesaria la selección de genes con un perfil de expresión estable como controles internos. Se evaluaron genes de mantenimiento candidatos por medio de la RT – qPCR y se calcularon los valores de Ct con la herramienta RefFinder, clasificando a VvTCPB y VvAIG – 1 como los genes con un perfil de expresión más estable. La detección de los genes de mantenimiento seleccionados en la plataforma bioinformática EDNA – MiFi mediante el uso de sondas electrónicas permitió la detección positiva en concentraciones diluidas de hasta 10-6 de los genes VvTCPB_VvAIG – 1 en las muestras secuenciadas de tejido sano y tejido infectado con GRBaV. Los hallazgos de la presente investigación permitieron la selección de dos genes de mantenimiento específicos de uva VvTCPB y VvAIG – 1 que pueden ser utilizados como controles internos en el diagnóstico de enfermedades virales como GRBaV aislados a partir de ARN.